Cieľom aplikovania metódy CLIL je pomôcť žiakom uvedomiť si význam cudzieho jazyka ako dorozumievacieho prostriedku a súčasne upevniť jeho poznávaciu funkciu, čím sa podporujú medzipredmetové vzťahy v edukačnom procese. 

Počas vyučovania predmetov je metóda CLIL aplikovaná v cudzom jazyku v rozsahu max.30% z celej VH. Cudzí jazyk sa používa na VH  pri osvojovaní si a precvičovaní slovnej zásoby, pri zadaniach a vypracovaní niektorých cvičení a úloh, pri využívaní IKT (videá, prezentácie,...). Žiaci tak prirodzene získavajú poznatky o preberanom učive aj v cudzom jazyku. Metóda CLIL s využitím cudzieho jazyka je „nástroj“ počas vyučovania. Žiaci sú hodnotení podľa vedomostí, ktoré majú dosiahnuť v danom predmete. Použitie cudzieho jazyka sa nehodnotí.

Konkrétne ciele vyučovania predmetov metódou CLIL:

- zvýšiť motiváciu žiakov k štúdiu CJ aj iných predmetov,

- zvýšiť kvalitu jazykových spôsobilostí žiakov na druhom stupni ZŠ v bežných triedach,

- zvýšiť motiváciu učiteľov, posilniť spoluprácu učiteľov školy,

- zlepšiť medzipredmetovú komunikáciu a posilniť medzipredmetové vzťahy,

- integrovaním učebných obsahov zapájať žiakov do kontextualizovaných úloh, umožniť im zmysluplne 
  používať cudzí jazyk v prirodzených podmienkach,

- zvýšiť časovú dotáciu pre cudzí jazyk bez navýšenia hodinovej dotácie vyučovania cudzieho jazyka ako
  predmetu (cudzí jazyk v rámci iných predmetov),

- získať interkultúrne poznatky a zabezpečiť prepojenosť s inými predmetmi,

- v súlade s princípmi ITV vo vyučovaní CJ zapojiť všetky zmysly a rôzne štýly učenia.